SE6を購入して、組んでベンチマークテストをしたのですが、440BXよりもパフォーマンスが落ちてしまい困っています。

BIOSで「In-Order Queue Drpth」の設定が１になってませんか、
これを４に設定し直してください。
＊次回のBIOSからデフォルトで４に設定されます。